Korjausrakentaminen
Välittömästi Turun Yliopistosäätiön ostettua Villa Tammekannin aloitti Yliopistosäätiön hallituksen nimeämä rakennustoimikunta työnsä. Periaatteeksi rakennustoimikunta päätti, että lukuun ottamatta täysin välttämättömiä toimenpiteitä, taloa ei muutettaisi alkuperäisestä olemuksestaan. Entisöinnin suunnittelijaksi valittiin yhteistyökumppani Alvar Aalto Säätiön ehdotusten pohjalta Alvar Aallon kohteiden restaurointiin erikoistunut arkkitehti Tapani Mustonen.
Päätös rakentaa Villa Tammekann osin uudestaan ja vasta nyt alkuperäissuunnitelmien mukaan ei ollut helppo. Tavoite vaati rekonstruktiota, palaamista johonkin sellaiseen, mitä ei koskaan ollut ollutkaan – paitsi paperilla. Korjausrakentaminen alkoi huolellisella dokumentoinnilla.
Ulkoarkkitehtuurin osalta talo päätettiin rakentaa valmiiksi. Tasakatto tehtiin uudelleen, ja alkuperäiselle suunnitelmalle olennaiset autotalli ja pergola rakennettiin vastaamaan Aallon suunnitelmia. Sisäpuolisissa tiloissa rakennukseen sodan jälkeen tehdyt väliseinät purettiin ja tilallisesti rakennuksen ensimmäinen ja toinen kerros palautettiin lähelle alkuperäistä. Uusi käyttötarkoitus – yliopistojen yhteistyökeskus – mahdollisti huoneiden käytön alkuperäisellä tavalla: makuuhuoneet majoitustiloina, keittiö keittiönä ja olohuone oleskelutilana.
Aallon suunnitelmissa rakennuksen arkkitehtoninen painopiste sijaitsee ensimmäisessä kerroksessa. Kunnostustyössä rakennuksen sisustus täydentää kokonaisajattelua siten, että rakennuksen ensimmäinen kerros varustettiin pääosin jo 1930-luvun puolivälissä käytetyillä Aallon ja Artekin kalusteilla. Uudessa pihasuunnitelmassa periaatteena oli tontin järjestäminen siten, että Villa Tammekannin ympärille luodaan selkeästi avoimempi tila ja että tontin eri osilla on selvästi omat luonteensa.
Varsinaiset rakennustyöt aloitettiin toukokuussa 1999. Aumakaton purkamisen ja uuden tasakaton rakentamisen jälkeen vietettiin, ei harjannostajaisia, vaan harjanlaskiaisia syyskuussa 1999.
Korjausrakentaminen valmistui maaliskuussa 2000. Hankkeeseen osallistui lukuisia sponsoreita – suurimmilla panoksilla Turun kaupunki, Artek ja Huonekalutehdas Korhonen.